Фамилия Ховраков напрямую связана с прозвищем дальнего предка, и у этого прозвища есть две основные версии происхождения. Первая отсылает к диалектному слову «ховря», которым в народе называли неопрятного, неряшливого человека. Вторая, более правдоподобная, ведет к имени Ховра — просторечной форме канонического женского имени Феврония. В переводе с греческого оно означает «лучезарная», и в старину такие сокращенные формы (Ховра, Ховронья) были широко распространены в быту.

Словообразовательная модель здесь классическая: прозвище Ховра или Ховрак (с уменьшительным суффиксом -ак) дало основу, к которой добавили типичный русский фамильный суффикс -ов. Получилось отчество по отцу: Ховраков — то есть сын Ховрака. Такая схема встречается сплошь и рядом, и в этом смысле фамилия ничем не примечательна, кроме своей редкой основы.

Историческая подоплека прослеживается в труде С. Веселовского, который упоминает Ховру Григория Степановича, московского гостя первой половины XIV века. Именно от него, по данным исследователя, пошли Ховраковы. Если эта версия верна, то фамилия имеет очень древние корни и связана не с крестьянской средой, а с купечеством: «гостями» в ту пору называли крупных торговцев, ведших дела с заморскими странами.

Что касается суффикса -ак в прозвищной форме Ховрак, он мог придавать слову оттенок характерности: так в русских говорах нередко образовывали названия людей по яркой черте или поведению. Но поскольку основа «ховра» чаще выступала как личное имя, вероятнее, что Ховрак — это ласкательное или обиходное обращение к человеку по имени Ховра, а не насмешливое прозвище неряхи.

Сегодня фамилия встречается нечасто, что неудивительно: исходное имя Феврония в народных формах почти вышло из употребления, а диалектное слово «ховря» и вовсе забылось. Поэтому носители фамилии могут считать себя обладателями редкого осколка древнерусской антропонимии, где за коротким звучанием прячется целая история — от византийского имени до московского гостя XIV века.