Фамилия Хедоян — редкий для России случай армянской фамилии, образованной по модели, характерной для южных и западных диалектов армянского языка. Основа «Хедо» восходит к личному имени или прозвищу, а конечный элемент «-ян» (в диалектах — «-янц») означает принадлежность: «из рода Хедо».

Само прозвище Хедо, скорее всего, происходит от армянского слова «хед» (քեդ) — «умный», «разумный», или от «хедик» — «смышлёный». В таком случае фамилия буквально переводится как «потомок умного». Менее вероятна, но не исключена связь с названием местности: в исторической Западной Армении (ныне территория Турции) существовали селения с похожими корнями, например, Хедо в районе Муша.

В русском языке фамилия склоняется как типичное заимствование с окончанием на согласный: Хедояна, Хедояну. Ударение, по правилам армянской ономастики, обычно падает на последний слог — Хедоя́н, хотя в речи носителей встречаются варианты.

Социальный статус первых носителей определить сложно: армянские фамилии этого типа не указывали на дворянство или крестьянство, а фиксировали родовую принадлежность. Встретить Хедоянов можно в среде армянской диаспоры России, Грузии и стран Ближнего Востока. Поскольку фамилия не слишком распространена, её носители, вероятно, происходят из одной или нескольких родственных ветвей.