Фамилия Херновников — один из тех редких случаев, когда корень слова уводит нас не в профессию или личное имя, а в бытовую, почти забытую географию. Основа здесь — «херн», и это не бранное слово, а диалектное название небольшого возвышения, холмика, бугра. В некоторых говорах «херн» или «херня» (без сниженного смысла) означало именно пригорок, выпуклость на ровной местности. Человек, живший на таком бугре или владевший участком у холма, мог получить прозвище Херновник — «тот, кто с херна». От него и пошла фамилия через стандартный патронимический суффикс -ов.

Модель образования типична для русских фамилий второй половины XVII–XVIII века: прозвище на -ник (Херновник) плюс -ов, указывающий на принадлежность роду. Суффикс -ник здесь активный: он обозначал человека по месту жительства («подгорник», «заозёрник») или по характерному признаку. То есть Херновников — буквально «сын Херновника», потомка того, кто обитал на херне.

Сложность в том, что фамилия очень редкая и не фиксируется в больших ономастических справочниках вроде словаря Унбегауна. Это указывает на её локальное, возможно, северное или центрально-русское происхождение — именно там диалектное «херн» встречалось чаще. Встречаются варианты написания с одной «н» (Херовиков), но они могут быть искажением при переписи или результатом другого корня — от «хер» (столб, кол). Однако для Херновников версия с «херн»-холмом выглядит надёжнее, поскольку суффикс -овник логично продолжает прозвище по месту.

Социально предки Херновниковых, скорее всего, были крестьянами или мелкими служилыми людьми, получившими фамилию после отмены местничества и введения подушных переписей. Никаких дворянских родов с такой фамилией не известно — она осталась в своей местной нише. Если искать параллели, то однокоренные фамилии Хернов, Херновский, Хернин тоже редки, что подтверждает: основа не была распространена повсеместно.