Фамилия Херуненко — типичный пример украинской фамилии, образованной по патронимической модели. Суффикс -енко, один из самых распространённых в украинской ономастике, буквально означает «маленький» или «сын». Таким образом, Херуненко — это «сын Херуна». Основа фамилии, Херун, — это, скорее всего, прозвище, а не крестильное имя.

Что могло означать это прозвище? Здесь есть несколько версий, и главная из них — фонетическая. Слово «херун» — это, по сути, южнорусский или украинский вариант произношения слова «херунь», которое, в свою очередь, восходит к диалектному «хер» — «плохой, дрянной, никудышный». В таком случае прозвище Херун давали человеку слабому, неспособному к серьёзному делу, или же, наоборот, с иронией — крепкому и упрямому, но с «дурным» характером. В некоторых говорах «херун» могло означать и «лентяй», «бездельник».

Менее вероятна, но возможна версия, связывающая фамилию с диалектным словом «хер» в значении «крест» (от греческого «херувим» или от названия буквы «хер» в кириллице). В этом случае прозвище могло относиться к человеку, который ставил на чём-то «крест», то есть отказывался, или к тому, кто жил у придорожного креста. Однако это объяснение спорно, так как основное значение «хер» в народной речи было отрицательным.

С географической точки зрения фамилия Херуненко наиболее характерна для центральных и восточных областей Украины (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина), где суффикс -енко стал универсальным способом образования фамилий уже в XVI–XVII веках. В отличие от северных и западных регионов, где преобладали фамилии на -ук, -юк или -ский, на этих землях к концу XVII века почти каждый крестьянин получал фамилию на -енко от имени или прозвища отца.

Что касается социального статуса, то Херуненко — однозначно фамилия крестьянская или казацкая. За редким исключением, люди с такой основой (откровенно прозвищной, а не от церковного имени) не принадлежали к шляхте или духовенству. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были рядовыми казаками или крепостными, а само прозвище закрепилось за родом из-за какой-то яркой особенности первого носителя — его лени, слабости или, наоборот, упрямства, которое окружающие окрестили «херунью».