Фамилия Харуненко — яркий пример украинской модели фамильного словообразования, которая режет слух своей «неправильностью» для великорусского уха. Суффикс -енко здесь не просто родовой показатель, а формант, который в XVII–XVIII веках в Левобережной и Слободской Украине массово присоединяли к самым разным основам, создавая фамилии для казаков, мещан и крестьян. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые означали «чей-то сын» или «чей-то холоп», украинские на -енко прямо указывали на происхождение от конкретного человека: Харуненко — это «Харунов сын» или «потомок Харуна».

Основа фамилии — Харун — почти наверняка восходит к крестильному имени Харитон. В народной речи, особенно на южнорусских и украинских говорах, имя Харитон часто редуцировалось: выпадал слог -ти-, и оставалось Харун (сравните: Харитон → Харун, как Артём → Артюх). Имя Харитон греческого происхождения, от слова charis — «милость», «благодать», «красота». В православных святцах оно встречалось часто, поэтому и производных от него фамилий много: Харитонов, Харитонцев, а в украинском варианте — Харитоненко, Харуненко.

Географически фамилия Харуненко привязана к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черниговщине, Сумщине, а также к Кубани и Ставрополью, куда в конце XVIII — XIX веке переселялись запорожские и малороссийские казаки. Если ваш предок носил эту фамилию, он с высокой вероятностью был не крепостным, а либо казаком, либо государственным крестьянином, имевшим личную свободу и земельный надел.

Встречается и более редкая, экзотическая версия происхождения: от тюркского имени Харун (араб. Hārūn — «Аарон», «высокий» или «гора»). Это имя принесли на Русь татары и ногайцы, которые поступали на русскую службу и крестились. Однако для фамилии с украинским суффиксом -енко тюркская версия маловероятна: такие основы обычно давали фамилии на -ов (Харунов). Украинский патроним на -енко от тюркского корня — редкое исключение, возможное лишь при смешанных браках в казачьей среде.

Написание фамилии устойчивое: через букву а в первом слоге и у во втором. Вариант «Хоруненко» (от хорунжий) — это совсем другая фамилия, с другим корнем и значением, хотя по звучанию они близки. Харуненко — фамилия, которая прямо говорит о предке по имени Харитон, прошедшем через живую народную переделку, и о его принадлежности к украинской традиции именования по отцу.