Фамилия Харунов — довольно редкий случай, когда в основе лежит не славянское имя, а арабское. Её носители, скорее всего, имеют тюркские или кавказские корни, и географически она почти не встречается в центральной России, будучи распространённой в Татарстане, Башкортостане, на Северном Кавказе и в Средней Азии.

Словообразовательная модель прозрачна: фамилия образована по русскому патронимическому суффиксу -ов, который присоединили к основе Харун. Харун — это арабское имя, соответствующее библейскому Аарону. В исламской традиции Харун — брат пророка Мусы (Моисея), известный красноречием. Имя это означает «высокий», «возвышенный» или «гора» (от древнееврейского «хар» — гора). Таким образом, Харунов — «потомок Харуна», сын человека по имени Харун.

В отличие от многих русских фамилий, где суффикс -ов указывает на принадлежность отцу, здесь он выполняет скорее функцию адаптации к русской грамматике. В тюркских языках (татарском, башкирском, кумыкском) отчества образуются иначе, но при получении паспортов в Российской империи или СССР фамилии часто русифицировали именно таким способом. Поэтому Харунов — это не столько «сын Харуна» в прямом смысле, сколько фамилия, закрепившаяся за родом, где предка звали Харуном.

Спорных версий происхождения практически нет. Иногда пытаются связать Харунова с названием села Харуново (если бы оно существовало), или с диалектным словом «харун» (что-то вроде «обманщик» в некоторых говорах), но эти гипотезы слабее. Арабское имя — основной и самый логичный источник, подтверждённый массовостью имени Харун в мусульманских культурах. Среди носителей фамилии встречаются спортсмены, учёные, деятели культуры, но в целом фамилия остаётся малочисленной и не имеет громких исторических фигур, известных за пределами своего региона.