Фамилия Харунин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Харунин послужило церковное имя Харитон. Имя Харуня представляет собой просторечный вариант имени Харитон. В переводе с греческого это имя означает «благодатный, радостный». По другой версии, имя Харуня представляет собой просторечный вариант древнееврейско-арабского имени Харун, которое переводится как «горный». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Харуня, со временем получил фамилию Харунин. О точном месте и времени возникновения фамилии Харунин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Харунин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.