Фамилия Харунины — редкий пример того, как просторечная форма имени закрепилась в официальном родовом прозвании. В её основе лежит имя Харуня, которое в старину использовали как обиходный, «домашний» вариант церковного имени Харитон. С греческого Харитон переводится как «благодатный» или «радостный», так что первый носитель фамилии, скорее всего, был человеком, которого окружающие знали под этим ласковым именем.

Впрочем, у имени Харуня есть и вторая, менее очевидная версия происхождения. Некоторые исследователи выводят его из древнееврейского или арабского имени Харун, которое означает «горный». Эта гипотеза правдоподобна в тех случаях, когда речь идёт о семьях, имевших связи с восточными народами, но для большинства русских фамилий более естественным выглядит именно путь от Харитона — греческое имя было широко распространено на Руси после крещения, а его просторечные формы давали жизнь множеству фамилий.

Сама фамилия образована по классической русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Харунин — это «сын Харуни», потомок человека по имени Харуня. Такая словообразовательная схема характерна для фамилий, сложившихся в северных и центральных регионах России, где притяжательные прилагательные с -ин были особенно употребительны.

Интересно, что фамилия Харунины не получила массового распространения, в отличие от своих «родственников» — Харитоновых или Хариных. Это говорит о том, что она возникла в относительно узком кругу семей, где имя Харуня передавалось из поколения в поколение, а позже закрепилось как родовое прозвание. Возможно, предки Харуниных жили в небольшой сельской общине, где прозвище по имени отца быстро прижилось и не потребовало дополнительных уточнений.

Точно определить время и место возникновения фамилии сегодня сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, а письменные источники по таким редким именованиям часто скудны. Однако сам факт, что фамилия сохранилась и дошла до наших дней, делает её ценным памятником живой народной речи — той её части, которая не попала в церковные календари, но осталась в повседневном обиходе.