Фамилия Харунова — женская форма, образованная от мужской Харунов, которая восходит к личному имени Харун. Это имя имеет арабское происхождение и является аналогом библейского Аарона (в Коране — Харун, брат пророка Мусы). В переводе с древнееврейского имя Аарон, скорее всего, означает «высокий» или «гора», хотя существуют и версии о значении «просвещённый».

В русской языковой среде фамилия Харунов появилась через контакты с тюркскими и кавказскими народами, принявшими ислам. У народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии имя Харун было распространено, и от него по модели «имя + -ов/-ев» образовывали фамилии. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Харунов буквально означает «сын Харуна» или «из рода Харуна». Встречаются варианты с другим окончанием — Харунян (армянский вариант) или Харуни (иранский, таджикский), но Харунова — типично русская по форме фамилия, закреплённая в документах.

Географически фамилия Харунова чаще всего встречается среди татар, башкир, кумыков, а также у народов Дагестана. В русском контексте носительницы фамилии — это потомки тех, кто в XIX–XX веках получал паспортные записи по отцу, где фиксировали русифицированное окончание. Интересно, что в некоторых регионах фамилию могли записать как Харунов (без окончания -а), но в женском роде она всегда получает флексию -а.

С точки зрения словообразования, фамилия проста и прозрачна: основа Харун- плюс суффикс -ов- и окончание -а. Это указывает на то, что предок носительницы фамилии носил имя Харун, и фамилия не связана с прозвищем или профессией. В отличие от сложных фамилий с суффиксами -ский или -их, Харунова относится к числу патронимических, то есть образованных от имени отца. Таких фамилий в России много, но редкое имя Харун делает эту фамилию узнаваемой и нечастотной.

Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Харунов, Харунян, Харуни — встречаются в разных культурах, но в русском ономастиконе Харунова закрепилась именно в форме с -ов, что говорит о её относительно поздней фиксации (не раньше XVIII–XIX веков), когда массово давали фамилии крестьянам и горожанам.