Фамилия Хидоятханов — одна из тех, что сразу выдают восточное, точнее, среднеазиатское происхождение. Её основа — личное имя Хидоятхан, которое составное: первая часть «Хидоят» восходит к арабскому «хидаят» (هداية) — «правильный путь», «истина», «руководство». В исламской традиции это слово часто означает божественное наставление на верный путь. Вторая часть — «хан» — тюркский титул, который в составе имён стал просто уважительным компонентом, вроде «господин» или «владыка». Таким образом, Хидоятхан буквально означает «господин правильного пути» или «хан, ведущий к истине».

Суффикс -ов в русском оформлении фамилии указывает на принадлежность: Хидоятханов — это «сын (или потомок) Хидоятхана». Такая модель типична для русификации фамилий народов Центральной Азии, особенно узбеков и таджиков, у которых в советское время фамилии часто записывали с русским окончанием. Если бы носитель остался в своей исконной среде, фамилия могла бы звучать как Хидоятхони или просто Хидоятов.

География фамилии почти наверняка привязана к Узбекистану, Таджикистану или южным регионам Казахстана, где распространены узбекские и таджикские диаспоры. В России или других странах СНГ её носители — это, скорее всего, потомки выходцев из этих республик. В отличие от фамилий на -зода или -и, которые остались без русификации, вариант Хидоятханов — результат бюрократической записи в паспортах XX века.

С точки зрения социального контекста, имя Хидоятхан было характерно для образованных или религиозных кругов. «Хидаят» — понятие из коранической лексики, так что предок, носивший такое имя, мог быть муллой, учителем (мударрисом) или просто человеком, известным своей набожностью. Титул «хан» в составе имени не обязательно указывает на знатное происхождение — к XX веку он стал частью многих имён как почётная приставка, утратив прямое значение правителя.

Фамилия редкая: она не встречается в массовых списках русских фамилий и не имеет аналогов в славянской ономастике. Её уникальность — в соединении арабского корня с тюркским титулом и русским суффиксом, что отражает сложную историю народов Средней Азии и их контакты с Российской империей и СССР.