Фамилия Хильгора — редкая, с нетипичной для русского уха концовкой. Она не вписывается в стандартную модель на -ов/-ев или -ин, что сразу указывает на её вероятное нерусское происхождение. Скорее всего, мы имеем дело с фамилией, которая не прошла через суффиксальную русификацию и сохранила исходную форму.

Наиболее вероятная версия — западноевропейские корни. Фамилия может быть вариантом немецкой фамилии Hilgert или Hilger. В немецком языке Hilger — это краткая форма от личного имени Hildeger (hiltja — «битва» + gēr — «копьё»). В таком случае Хильгора — это фонетическая адаптация, где конечное -er перешло в -а под влиянием русского языка (сравните: Шиллер — Шиллера, но в фамилиях такое встречается реже). Альтернативно, это может быть топонимическая фамилия, образованная от названия местности, например, от деревни Хильгора (Hilgora) в Германии или Австрии. В этом случае предок получил прозвище по месту жительства.

Менее правдоподобна, но допустима версия о связи с финно-угорскими языками, учитывая, что окончание -гора встречается в прибалтийско-финских топонимах (например, Хийумаа). Однако фонетика фамилии (сочетание «хиль») для финских языков нехарактерна, и эта гипотеза слабее.

Словообразовательная модель фамилии проста: она не содержит русского патронимического суффикса. Это значит, что фамилию зафиксировали в том виде, в каком её носило первое поколение переселенцев. Вероятнее всего, Хильгора — это выходцы из немецкоязычных земель (возможно, из числа колонистов, приглашённых в Россию в XVIII–XIX веках), которые поселились в Поволжье, на юге Украины или в Прибалтике. В таком случае фамилия Хильгора указывает на конкретного предка по мужской линии, которого звали Хильгор (то есть Hilger), или на его родную деревню.

География фамилии сегодня — это единичные случаи в России, на Украине и в Беларуси. Встретить её можно скорее в городской среде, чем в сельской, что подтверждает версию о позднем переселении и утрате связи с исходным ареалом.