Фамилия Хисаиов — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает происхождение. Если смотреть на окончание -ов, кажется, что перед нами типичная русская фамилия от имени или прозвища. Но корень здесь не славянский, а тюркский, и запись через «ио» вместо ожидаемого «е» или «а» выдает позднее, канцелярское закрепление на письме.

В основе фамилии лежит мужское имя Хисаи, которое восходит к арабскому Хусайн (Хусейн) — уменьшительной форме от имени Хасан, означающей «хороший», «красивый», «добрый». В тюркской среде, особенно у татар и башкир, имя Хисаи (или Хисай) было распространено, но в русских документах его записывали на слух, без строгой орфографии. Так и получился вариант Хисаиов: суффикс принадлежности -ов присоединили прямо к полной форме имени, а не к усеченной основе, как обычно делали (ср. Хисаев, Хисамутдинов). Это указывает на то, что фамилия оформлялась уже в XX веке, когда паспортизация фиксировала написание «как в свидетельстве», а не по модели «Иван — Иванов».

Географически фамилия тяготеет к регионам с татарским и башкирским населением — Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Встречается она редко, что делает её хорошим маркером конкретной родовой линии, а не массового прозвища. Предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками из тюркской среды, а сама фамилия закрепилась за потомками человека по имени Хисаи — возможно, уважаемого старейшины или религиозного деятеля, чье имя не сократили до бытового прозвища.

Любопытно, что при всей своей арабской основе фамилия Хисаиов не имеет прямого отношения к исламской знати: в русской традиции её запись с «ио» — чисто графическая случайность, а не признак особого статуса. Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Хисаев, Хисамутдинов, Хуснутдинов), то вариант Хисаиов — самый редкий и самый «русский» по форме, хотя и самый поздний по времени возникновения.