Фамилия Хишков — одна из тех, где происхождение не лежит на поверхности, и сразу понятно только одно: она образована с помощью стандартного русского патронимического суффикса -ов. Это значит, что в основе лежит прозвище или имя предка — Хишко. Вопрос в том, что означало это самое «Хишко».

Самая вероятная версия отсылает к южнорусским и украинским говорам. Слово «хиж» или «хижак» в них означало хищника, а «хишкать» — подстерегать, красться, как зверь. Прозвище Хишко могли дать человеку с соответствующим характером: ловкому, скрытному, умеющему выследить добычу, или же, наоборот, недоверчивому, острожному. В пользу этой версии говорит и структура фамилии: суффикс -к- в основе (Хишк-о) характерен именно для украинских и белорусских уменьшительно-оценочных форм, которые впоследствии стали фамилиями. То есть предок Хишковых с большой вероятностью был выходцем с территории современной Украины или юга России.

Менее убедительная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «хишкать» в значении «шептать, нашёптывать». В этом случае Хишко — прозвище шептуна, сплетника или знахаря, который лечил заговорами. Однако такое значение слова встречается реже, чем «хищный», и не имеет такого широкого распространения в ономастике.

Важно не путать эту фамилию с внешне похожей Хижняков или Хишняков. В основе Хижняк лежит слово «хижа» (хата, жильё), а Хишков — от «хиж» (хищный). Разница в одной букве, но корни у них совершенно разные. Географически фамилия Хишков редкая, её очаги, скорее всего, находятся в Курской, Белгородской, Воронежской областях и на востоке Украины — там, где смешивались русские и украинские говоры. Фамилия недворянская, крестьянская или казачья, что тоже подтверждает её прозвищное, а не «именное» происхождение.