Фамилия Хизуненко — характерный пример украинской фамилии, образованной по модели, популярной на Левобережье и в южных регионах. Её основа — прозвище Хизун, а суффикс -енко указывает на принадлежность: «сын Хизуна» или «потомок Хизуна». Такая модель в XVII–XVIII веках была особенно распространена среди казачества и крестьянства, и сегодня фамилии на -енко — одни из самых частых в Украине.

Корень «хиз-» неочевиден, и здесь возможны два основных объяснения. Первое: диалектное «хизать» или «хизиться» — то есть капризничать, упрямиться, вести себя своенравно. В этом случае Хизун — прозвище человека с трудным характером, капризного или упрямого. Второе, менее вероятное: связь с тюркским «хыз» (девушка, дочь) — но тогда прозвище Хизун могло означать «бабник» или «тот, кто увивается за девушками». Однако первая версия выглядит правдоподобнее: корень «хизать» фиксируется в украинских говорах, а прозвища по характеру — один из самых распространённых типов в народной антропонимии.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт дополнительную подсказку. В украинской ономастике встречаются фамилии Хизь, Хизько, Хизенко — все они восходят к той же основе. Если бы корень был тюркским, вряд ли бы он дал такое количество вариантов с типично славянскими суффиксами. Поэтому Хизуненко, скорее всего, — потомок человека, которого в селе прозвали за капризный или упрямый нрав.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Сумщине. В России она встречается редко и обычно у потомков переселенцев конца XIX — начала XX века. Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и казаки, и крестьяне, и мещане. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже типично для прозвищной модели на -енко.