Фамилия Хизун — один из тех случаев, когда носитель слышит прозвище, а не отчество. Она образована напрямую от личного или профессионального прозвища Хизун, без патронимических суффиксов -ов, -ев или -ин. Такая «голая» форма — признак того, что фамилия могла закрепиться в южнорусских, украинских или белорусских землях, где прозвищные фамилии без оформления встречаются чаще, чем на севере Руси.

Корень «хиз-» отсылает к диалектному слову «хиза», которое в южных говорах означало «хижина», «лачуга», «убогое жильё». Хизуном могли прозвать бедного крестьянина, жившего в плохой избе, либо человека, который строил такие жилища — то есть мастера-самодельщика. В некоторых регионах слово «хиза» имело оттенок временного или неказистого строения, поэтому прозвище могло быть не столько обидным, сколько указывающим на образ жизни: бобыль, пришлый человек, не имеющий крепкого хозяйства.

Существует и менее очевидная версия, связывающая фамилию с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий «хыз» означает «девушка», «дочь», а суффикс -ун мог придавать слову ласкательный или уменьшительный оттенок. Однако эта гипотеза слабее: фамилия Хизун практически не встречается в Поволжье и на Урале, где тюркское влияние было бы заметным, а сосредоточена в чернозёмных областях России и на востоке Украины.

Фамилия редкая. В дореволюционных списках она не фигурирует среди дворянских или купеческих родов, что подтверждает её крестьянское происхождение. В современной России Хизуны встречаются точечно, в основном в Воронежской, Белгородской и Ростовской областях. Поскольку фамилия не изменила форму за века, её носители могут быть прямыми потомками того самого человека, которого когда-то прозвали за бедность или за ремесло строителя хиз.