Фамилия Хлопахчян — редкий случай, когда исходное слово восстанавливается почти без разночтений, но история его бытования скрыта за диалектными и историческими напластованиями. Это армянская фамилия, образованная по типичной для восточноармянской традиции модели: корень + суффикс -ч- + окончание -ян. Суффикс -ч- в армянском языке указывает на деятеля, профессионала или человека, постоянно занимающегося чем-то. Соответственно, основа «хлопах» — это искажённое или диалектное произношение слова «хлопок». В армянском литературном языке хлопок — «бамбак», но в говорах западных областей исторической Армении и в среде армян, переселившихся из Крыма или Турции, было распространено заимствование из тюркских языков (ср. турецкое «pamuk»). Форма «хлопах» могла возникнуть через метатезу (перестановку звуков) или под влиянием русского слова «хлопок», которое вошло в обиход в XIX веке, когда армянские купцы активно торговали хлопком с Россией.

Таким образом, Хлопахчян — это «тот, кто работает с хлопком» или «торговец хлопком». Скорее всего, предок носителя этой фамилии был ремесленником, перерабатывавшим хлопок, либо скупщиком сырья. В армянской ономастике фамилии на -чян обычно указывают на конкретное занятие (ср. Варданян — от «вардапет», учитель, или Дарбинян — от «дарбин», кузнец), и Хлопахчян вписывается в этот ряд, хотя исходное слово не является общеупотребительным. Географически фамилия тяготеет к западноармянским диаспорам: её можно встретить среди потомков армян из Западной Армении (современная Турция), а также в среде армян, переселившихся в Россию в XIX — начале XX века. В современной Армении фамилия встречается редко, что подтверждает её диалектное происхождение — в восточноармянском литературном языке для хлопка используют другое слово, и фамилия от него звучала бы как «Бамбачян».

Сложность в том, что письменных фиксаций фамилии в старых метрических книгах почти нет — она, скорее всего, оформилась поздно, в XIX веке, когда армяне массово получали фамилии по роду занятий. Поэтому точных упоминаний в ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна, который разбирал русские фамилии, или у армянских исследователей) для Хлопахчян нет. Единственная альтернативная версия — связь с диалектным «хлопать» (звукоподражание), но она маловероятна, так как суффикс -ч- в армянском не образует фамилий от глагольных корней в таком значении. Версия с хлопком остаётся основной и логичной.