Фамилия Хлутчина образована по редкой для русских фамилий модели — с помощью суффикса -ина, который обычно присоединялся к основам на -а или -я. В данном случае основа — Хлутч-, что указывает на исходное прозвище или имя Хлутка (уменьшительная форма) или Хлутч (собственно прозвище). Такая модель типична для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ин широко распространены, но здесь обращает на себя внимание корень «хлут-», который не является общеупотребительным в русском языке.

Скорее всего, в основе лежит диалектное слово «хлут» или «хлуткий». В говорах русского Севера и Сибири «хлуткий» означало «шаткий, неустойчивый, валкий» (например, о телеге или лодке). Отсюда прозвище Хлутка или Хлутч могли дать человеку неуклюжему, неловкому в движениях или, наоборот, тому, кто постоянно суетится и «шатается» без дела. Есть также версия, что корень связан с глаголом «хлутать» — «бродить, плутать, ходить без цели», что давало прозвище бродяге или непоседе.

Менее вероятно, но возможно происхождение от иноязычного корня, например, от финно-угорского «хлут» (сравните с карельским «hluutta» — «болото, топь»), что могло указывать на место жительства предка — у болотистой местности. Однако для русской фамилии более характерна первая, прозвищная версия.

Фамилия Хлутчина — редкая. Её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды северных губерний (Архангельская, Вологодская, Вятская). В официальных документах фамилия могла записываться как Хлуткина или Хлутчева, но форма на -ина оказалась устойчивой, что говорит о её закреплении в конкретном роду. Сословной принадлежности предков установить по фамилии нельзя — она не указывает на дворянство или духовенство, а типична для простонародья.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Хлуткин, Хлутов, Хлутнев) показывает, что все они восходят к одному корню, но разные суффиксы указывают на разные регионы и способы образования. Хлутчина стоит особняком из-за редкого сочетания «-тч-», которое могло возникнуть из-за местного произношения или ошибки писаря.