Фамилия Хлюндра напрямую связана с прозвищем, которое давали предку по характеру или образу жизни. В её основе лежит глагол «хлюндрать», родственный более привычному «хлюпать» — то есть шлёпать, бродить по грязи или воде. Отсюда первое значение прозвища — человек, живущий в сырой, заболоченной низине, где постоянно хлюпает под ногами. Такая привязка к месту жительства была типична для деревенских прозвищ, которые затем закреплялись за потомками.

Но у прозвища есть и второе, не менее вероятное прочтение. «Хлюндрать» в народной речи могло означать и поведение плаксивого, беспокойного человека, который «хлюпает носом». Тогда Хлюндрой называли неаккуратного, неопрятного ребёнка или взрослого, вечно недовольного и ноющего. В этом случае фамилия указывает не на географию, а на черты характера — неряшливость или капризность.

Словообразовательная модель проста: прозвище Хлюндра перешло в фамилию без изменений, без типичных суффиксов -ов или -ин. Это редкий для русских фамилий случай, когда она совпадает с самой основой. Такое оформление чаще встречалось на Украине и в южнорусских землях, где бессуффиксные фамилии были обычным делом. Поэтому можно предположить, что корни рода стоит искать в этих регионах, хотя со временем фамилия могла распространиться и дальше.

Итоговая картина двойственная: фамилия Хлюндра с равной долей вероятности могла закрепиться за жителем болотистой местности или за человеком с неуживчивым, плаксивым нравом. Обе версии опираются на одно и то же звукоподражательное значение — хлюпать, шлёпать, издавать мокрые звуки. Что именно имел в виду сосед, давая прозвище, сегодня уже не установить, но обе трактовки одинаково правдоподобны и уходят корнями в бытовую наблюдательность наших предков.