Фамилия Хлюнева — женская форма от Хлюнев, и её происхождение неочевидно. В русских фамилиях на -ев основа обычно восходит к прозвищу или имени, оканчивающемуся на мягкий согласный. Здесь корень «хлюн-» не встречается ни в канонических святцах, ни в распространённых мирских именах. Это сразу указывает на прозвищное происхождение.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «хлюнять» или «хлюпать». В северных и центральных говорах «хлюня» — это плакса, нытик, а также человек с насморком, который «хлюпает» носом. Прозвище Хлюня могли дать капризному ребёнку или взрослому с заметной привычкой шмыгать. В ономастике такой тип — от характеристики поведения — обычен: ср. Плаксин, Соплин, Нюнин. Суффикс -ев присоединился по модели «Хлюня → сын Хлюнев», то есть фамилия означает «потомок Хлюни».

Менее убедительна гипотеза о связи с украинским или белорусским «хлюн» — так могли называть неопрятного, неряшливого человека. Но для русской фамилии с суффиксом -ев это маловероятно: в южнорусских областях чаще встречаются фамилии на -енко, а не на -ев. Поэтому диалектный русский корень остаётся главным.

Географически фамилия редкая. По данным переписей и телефонных справочников, Хлюневы встречаются в основном в Центральной России и Поволжье, единично — на Урале. Сословного барьера у неё не было: прозвище Хлюня могли дать и крестьянину, и посадскому человеку, но в дворянские роды такие фамилии почти не попадали — они остались в среде крестьян и мещан.

Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего Хлюпин (от «хлюпа» — то же, что хлюня) и Хлюстов (от «хлюст» — плут или лодырь). Разница в суффиксах показывает разные диалектные варианты одного прозвищного корня. Таким образом, Хлюнева — это фамилия-характеристика, которая закрепилась за предком из-за его манеры или внешности, и ничего постыдного в этом нет: многие русские фамилии начинались с бытовых прозвищ.