Фамилия Хнерков — редкая и неочевидная по происхождению. В ней нет ни типичного для русских фамилий суффикса принадлежности (как -ов/-ев), ни географической привязки. Всё внимание — к основе «Хнерк», которая заставляет искать корни за пределами славянских языков.

Наиболее вероятная версия — фамилия имеет немецкое или еврейское (ашкеназское) происхождение. Основа «Хнерк» могла возникнуть от немецкого слова «Knirps» (малыш, карапуз) или от фамилии Knörke (уменьшительная форма от имени Konrad). В русском языке при адаптации иностранных фамилий часто происходила замена звуков: «К» переходило в «Х» под влиянием южнорусского или украинского произношения (геканье), а окончание обрастало типичным русским суффиксом -ов. Так немецкая фамилия Кнёрке или Книрке превратилась в Хнерков.

Вторая версия, менее правдоподобная, связывает фамилию с диалектным словом «хнеркать» (ныть, капризничать). Такое прозвище могли дать человеку с плаксивым характером. Но слово это крайне локальное и не фиксируется в основных словарях русских говоров, поэтому версия с заимствованием выглядит убедительнее.

География фамилии подтверждает её иноязычные корни. Хнерковы встречаются в основном на юге России (Ростовская область, Краснодарский край) и в Поволжье — регионах, куда в XVIII–XIX веках активно переселялись немецкие колонисты. Предки носителей фамилии могли быть ремесленниками, крестьянами или мелкими торговцами из немецких поселений.

Фамилия не имеет отношения к дворянским родам и не упоминается в известных ономастических справочниках по русским фамилиям (Унбегаун, Никонов). Это объясняется её поздней русификацией и малочисленностью. Сегодня Хнерков — одна из тех фамилий, по которой можно проследить историю миграции и языковой адаптации переселенцев в России.