Фамилия Херков — редкий случай, когда написание обманчиво. Несмотря на внешнее сходство с фамилиями от крестильных имён (вроде Харламов, Хрисанфов), её корень, скорее всего, не церковный. Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), а основа — Херк.

Самая вероятная версия — прозвище Херко, образованное от южнорусского или украинского слова «херк» или «херко». В диалектах так называли хилого, слабого, тщедушного человека (от «хиреть», «хереть» — чахнуть, сохнуть). Фамилия могла закрепиться за крестьянином или ремесленником невысокого роста, болезненным на вид. Это не оскорбление, а бытовая характеристика — на Руси прозвища часто давали по внешности или здоровью, и они становились фамилиями.

Менее убедительная, но возможная версия — от тюркского имени или прозвища. В тюркских языках есть корень «херк» (с разными значениями — от «сила» до «движение»), но в русском контексте он не дал массовых фамилий. Географически фамилия Херков встречается в основном в западных и южных регионах России (Белгородская, Ростовская области), что косвенно подтверждает связь с южнорусскими говорами.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Херкин, Херковский — показывает, что модель на -ов здесь доминирует. Суффикс -ин (Херкин) указывал бы на прямое родство с матерью или женой, но он встречается реже. Фамилия явно недворянская (без приставок и окончаний на -ский/-цкий в простой форме), что говорит о крестьянском или мещанском происхождении.

Единого мнения о значении нет, но диалектная версия остаётся основной. Если ваш предок носил прозвище Херко, он, скорее всего, был человеком небогатым и жил в южной части России.