Фамилия Хнеркова — женская форма от Хнерков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Хнерк. Первое, что бросается в глаза, — редкость корня. В русской ономастике почти нет фамилий на «хн-», что делает Хнерковых уникальным случаем, а не вариантом распространённой модели.

Словообразовательный суффикс -ов- указывает на типично русский патроним: «чей?» — Хнерков, то есть сын или потомок человека по прозвищу Хнерк. Основа «хнерк» не имеет очевидных параллелей в современном русском языке. Скорее всего, она диалектная или иноязычная. Можно предположить, что в основе лежит древнескандинавское или финно-угорское имя, адаптированное славянами. Например, в северных говорах встречались заимствования из карельского или вепсского языков, где звукосочетание «хн» встречается чаще. Возможна и связь с глаголом «хныкать» (плакать, ныть) — в таком случае прозвище Хнерк мог получить капризный или плаксивый человек, но эта версия менее вероятна из-за нехарактерного для русского словообразования суффикса -ерк.

Географически фамилия могла закрепиться на северо-западе России, в Новгородской или Псковской губерниях, где исторически сильны контакты с прибалтийско-финскими народами. Встречается она крайне редко, поэтому носители, скорее всего, происходят из одного локального рода. В дореволюционных переписях такие фамилии почти не фиксировались, что говорит о позднем оформлении — возможно, в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по прозвищам.

По социальному статусу предки Хнерковых — вероятнее всего, крестьяне или мещане, так как дворянские роды редко образовывали фамилии от столь необычных и неблагозвучных основ. Единственная деталь, которая выделяет эту фамилию на фоне других: она почти не имеет однокоренных «соседей» в русском ономастиконе, что делает её своеобразным лингвистическим маркером узкого ареала или даже одной семьи.