Фамилия Хныхина звучит редко и сразу привлекает внимание своим необычным корнем. Её происхождение, скорее всего, связано с прозвищем или диалектным словом, которое уже вышло из активного употребления. Суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования от имени или прозвища, оканчивающегося на согласный или -а/я. Форма Хныхина — женская, мужской вариант — Хныхин.

Самая вероятная версия возводит основу к слову «хныкать», то есть «плакать, ныть, жаловаться». В старых говорах «хныка» или «хныха» — это плакса, капризный или постоянно недовольный человек. Прозвище могли дать ребенку, который часто хныкал, или взрослому с ворчливым, жалостливым характером. Таким образом, Хныхин — потомок человека по прозвищу Хныха. Фамилия относится к так называемым «характерологическим» — образованным от черт поведения, и в этом её отличие от более частых фамилий-профессий.

Менее убедительной выглядит гипотеза о связи с глаголом «хныкать» в значении «издавать тихий, скулящий звук» (о собаке или ветре). В ономастике прозвища от звукоподражаний тоже встречаются, но для человека такое прозвище было бы менее естественным, чем прямая характеристика поведения.

Географически фамилия Хныхин/Хныхина встречается крайне локально. По данным открытых источников, её носители в основном сосредоточены на юге России, в частности в Ростовской области и Ставропольском крае, а также единично в центральных регионах. Это типичная «гнездовая» фамилия, распространённая в пределах одного-двух районов, что подтверждает её позднее закрепление и бытовое происхождение — скорее всего, от прозвища, а не от крестильного имени.

Словообразовательная модель проста: корень хных- (с чередованием к/х в основе глагола «хныкать») плюс суффикс притяжательности -ин. Фамилия не имеет дворянских или книжных корней, она — прямое отражение народной речи, где меткое прозвище закреплялось за целым родом.