Фамилия Хныгина — женская форма, мужской вариант — Хныгин. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Хныга. В русских говорах «хныга» означает плаксу, капризного, нудного человека, того, кто постоянно хнычет. Слово образовано от глагола «хныкать» — плакать, жаловаться, ныть. Прозвища по манере поведения — один из древнейших пластов русской антропонимии, и Хныга здесь стоит в одном ряду с Плаксой, Рёвой, Воплей.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе на -а добавляется притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность «сын Хныги» или «дочь Хныги». Это так называемые «полуотчества», которые закрепились как фамилии в XV–XVII веках, в первую очередь в среде служилых людей и крестьянства. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от основ на твёрдый согласный, -ин характерен для основ на -а/-я.

Географически фамилия Хныгин редкая и имеет локальный характер. Основной ареал — южные и центральные области России, особенно Рязанская, Тамбовская, Воронежская губернии, где диалектное слово «хныга» было в ходу. Встречаются единичные упоминания в переписях XIX века, например, в Рязанской губернии записаны крестьяне Хныгины. Дворянских родов с этой фамилией нет — она осталась в простонародной среде.

Интересная деталь: в некоторых говорах «хныга» могло означать не только плаксу, но и скупого, жадного человека — от глагола «хныкать» в значении «скупиться, жалеть». Но эта версия менее распространена. Основное значение — прозвище по эмоциональной черте, которое со временем потеряло уничижительный оттенок и стало нейтральным родовым именем.