Фамилия Хныкины образована от прозвища или нецерковного имени Хныка, которое давали человеку плаксивому, капризному, вечно недовольному. В основе лежит глагол «хныкать» — «плакать, ныть, жаловаться». Прозвища, отражавшие особенности характера, на Руси давали охотно: они были точнее и выразительнее крестильных имён, поэтому быстро приживались и переходили в фамилии. По модели, по которой возникли Хныкины, — от прозвища с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность «сын Хныки» — образованы и другие русские фамилии: Плаксины, Рёвины, Нытиковы. Эта же словообразовательная схема широко представлена в ономастике восточных, западных и южных славян: у поляков, чехов, сербов и болгар встречаются аналогичные по структуре фамилии от прозвищ с тем же значением.

Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени — христианского или языческого. Хныка — имя-прозвище из разряда языческих, мирских: такие имена давали не при крещении, а в быту, чтобы отличить человека в семье или общине. Подобные имена не несли отрицательной оценки в прямом смысле: называя ребёнка Хныкой, родители могли иронически желать ему обратного — здоровой весёлости, или просто фиксировали привычку, которая со временем сглаживалась. В документах XVI–XVII веков встречаются люди с такими «говорящими» прозвищами, и фамилия Хныкины закрепилась за потомками одного из них.

Суффикс -ин в фамилии указывает на притяжательность: Хныкин — «сын Хныки». Это одна из древнейших и самых распространённых моделей русских фамилий, особенно в северных и центральных регионах России, где форма на -ин конкурировала с -ов. География фамилии сегодня не ограничивается одним регионом, но корни её, скорее всего, лежат в тех местах, где говор с его мягким «хныкать» был обычен в крестьянской среде.

Отдельного упоминания заслуживает то, что фамилия Хныкины не дворянская и не книжная: она вышла из народной толщи, из среды, где прозвища были частью повседневного общения. В этом её ценность для потомков — она сохранила живое слово, которое почти ушло из активного употребления, но продолжает звучать в фамилии. Сегодня «хныкать» воспринимается скорее как ласковое или шутливое слово, и фамилия несёт оттенок не осуждения, а теплоты и узнаваемости.