Фамилия Хныгин образована по одной из самых распространённых русских моделей: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?») и обычно присоединяется к основам на -а, -я. В основе лежит прозвище Хныга. Это слово — диалектное и экспрессивное. В русских говорах «хныга» означало плаксу, нытика, капризного человека (от глагола «хныкать» — плакать, жаловаться). Скорее всего, прозвище дали не столько за частые слёзы, сколько за привычку постоянно выражать недовольство, ныть или жаловаться на жизнь. Прямого значения «ремесло» или «должность» здесь нет, это типичная «бытовая» фамилия, закрепившаяся за человеком по его характеру.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным словом «хныга» в значении «хилый, болезненный человек». В некоторых областях так могли назвать того, кто часто болел или был слаб здоровьем. Оба варианта не противоречат друг другу: и плаксивость, и хилость — внешние признаки, которые бросались в глаза окружающим и легко превращались в уличное прозвище. Важно, что фамилия не дворянская, а крестьянская или мещанская: такие прозвища редко давали людям из высших сословий.

С точки зрения географии, фамилия Хныгин встречается нечасто, но имеет отчётливую привязку к центральным и южнорусским областям. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках носители фамилии фиксировались, например, в Тамбовской и Рязанской губерниях — регионах, где говоры сохраняли слово «хныга» в активном употреблении. Встречаются также варианты написания с одной «н» — Хныгин, что связано с орфографической нестабильностью в XIX веке, но суффикс -ин остаётся неизменным.

В отличие от фамилий на -ов (типа Хныгов), которые тоже возможны, форма Хныгин — более органичная для русского языка, так как основа «Хныг-» оканчивается на задненёбный согласный, и суффикс -ин здесь исторически закономерен. Если бы прозвище звучало как Хныгай или Хныгун, фамилия могла бы выглядеть иначе, но в данном случае перед нами прямой патроним от прозвища, которое, скорее всего, закрепилось за основателем рода в XVI–XVII веках.