Фамилия Ханыгин образована от прозвища Ханыга, и в её основе лежит диалектное слово, которое в старину означало «праздный шатун по угощениям, попрошайка». Проще говоря, так называли человека, который не гнушался пожить за чужой счёт, любившего веселье и беззаботную жизнь больше, чем регулярный труд. Поэтому родоначальник Ханыгиных, судя по всему, не имел постоянного ремесла или службы, предпочитая обходить чужие столы в поисках угощения.

Слово «ханыга» живёт и в современных говорах, сохраняя тот же оттенок значения — бездельник, попрошайка, гуляка. Однако в прошлом прозвище не всегда несло резко отрицательный смысл. В крестьянской среде так могли поддеть бойкого, общительного мужика, который не прочь был «покантоваться» по гостям, или же, напротив, осудить лентяя, живущего подаянием. Точный оттенок прозвища зависел от окружения, но в любом случае оно цепко характеризовало человека.

Сам суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я: Ханыга → Ханыгин, то есть «сын Ханыги», потомок того самого гуляки. Такая модель была распространена повсеместно, но особенно часто встречалась в северорусских и центральных землях. Фамилия Ханыгин не принадлежит к числу дворянских или книжных — она вышла из народной гущи, из среды простых крестьян и посадских людей, где прозвища давали метко и на всю жизнь.

Стоит отметить, что в некоторых говорах слово «ханыга» имело и другой оттенок — так могли назвать хитрого, изворотливого человека, умеющего выпросить что угодно. Если принять эту версию, то предок Ханыгиных был не столько ленивцем, сколько ловким пронырой, умевшим устраивать свои дела за чужой счёт. Впрочем, обе трактовки сходятся в главном: прозвище отражало поведение человека, его образ жизни, а не профессию или внешность.

В письменных источниках фамилия встречается с XVII–XVIII веков, когда прозвища начали закрепляться за потомками. Крестьяне и мещане, носившие прозвище Ханыга, передавали его детям, и к началу XIX века фамилия Ханыгин уже прочно бытовала в разных губерниях. Сегодня она нередка в Поволжье и на Урале, куда переселялись крестьяне из центральной России, унося с собой и свои родовые прозвания.