Фамилия Ханыков образована от тюркского прозвища Ханык, которое переводится как «умелый, опытный, ловкий в работе, понятливый» или «хитрый». Таким образом, прозвище Ханык указывает на особенности поведения предка. По другой версии, в основе фамилии Ханыков лежит славянское прозвище Ханык, которое этимологически связано с глаголом «хныкать». В этом случае Ханыком прозвали легко ранимого, эмоционального человека, склонного к плачу. Первые упоминания об однокоренных именованиях датируются XVII веком. Так, в «Ономастиконе» Веселовского записан дворянин Ханыков Григорий Воинович (1660 год).