Фамилия Ханников — один из тех случаев, когда внешне прозрачная основа таит в себе сразу несколько возможных объяснений. Первое, что приходит на ум, — связь с тюркским титулом «хан» (правитель, князь). Однако в русской среде фамилии на «-иков» от титулов встречаются, но обычно не напрямую, а через прозвища или уменьшительные формы. Прямое «Ханников» от «хан» маловероятно: скорее бытовала бы форма Ханов. Поэтому разумнее искать корень в другом месте.

Основная версия — прозвище Ханник. В русских говорах слово «ханник» или «ханька» могло означать вялого, медлительного или неряшливого человека. В. И. Даль в своём словаре фиксирует «ханькать» — ныть, капризничать, клянчить. Отсюда Ханник — тот, кто постоянно жалуется или надоедает просьбами. Фамилия образована по стандартной модели: к основе «Ханник» добавили суффикс принадлежности «-ов», то есть «сын Ханника». Суффикс «-ик» здесь указывает на лицо по действию или качеству, что типично для русских прозвищ (ср. Крикун — Крикунов, Ворчун — Ворчунов).

Есть и более редкая, но не лишённая оснований версия: от имени Хан, сокращённой формы от крестильного имени Иоанн (через народные формы Иван, Хван). В некоторых русских диалектах начальное «и» заменялось на «х»: Хван вместо Иван. Тогда Ханник могло быть патронимическим прозвищем — «маленький Хан» или «сын Хана» (в значении Ивана). Эта гипотеза слабее, поскольку форма «Хан» для Ивана не была повсеместной, но полностью исключать её нельзя.

Географически фамилия Ханников встречается в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской и Ростовской областях, а также в Поволжье. Это указывает на зону активного смешения русского и тюркского населения, где прозвища с тюркскими корнями легко приживались в русской среде.

Таким образом, с наибольшей вероятностью предок носителя фамилии Ханников был человеком с прозвищем Ханник — либо капризным и нудным, либо (по второй версии) просто носившим уменьшительное имя от Иван. Фамилия не дворянская и не редкая: она возникла в крестьянской или мещанской среде не позднее XVII века, когда прозвищные фамилии на «-ов» стали массово закрепляться.