Фамилия Ханникова — женская форма, а мужская, Ханников, образована по самой частотной русской модели: от основы через суффикс -ов. Значит, в основе лежало прозвище или мирское имя Ханник. Что оно означало — вопрос, который заставляет заглянуть сразу в несколько словарей.

Первое, что приходит на ум, — связь со словом «хан». Но прямой переход «хан → Ханник → Ханников» маловероятен: суффикс -ик в русских прозвищах обычно указывал на принадлежность или свойство («поповик» — сын попа, «москвик» — житель Москвы). Ханник — это не «маленький хан», а скорее «тот, кто имеет отношение к хану»: слуга хана, сборщик дани, толмач при татарском вельможе. В XVI–XVII веках, когда русские земли активно контактировали с Казанским и Крымским ханствами, такие прозвища давали людям, которые служили в ордынской администрации или торговали с восточными соседями. Фамилия Ханников могла закрепиться за потомками такого человека.

Вторая версия, менее очевидная, — связь с диалектным словом «ханить» (бранить, порицать, хулить). В северных и сибирских говорах «ханник» могло означать ворчуна, брюзгу, человека, который постоянно кого-то хает. Но эта гипотеза слабее: фамилии от глаголов с суффиксом -ник образуются редко (обычно от существительных), и географически «ханников» больше встречается в регионах бывшего Золотоордынского влияния, чем на Русском Севере.

Интересно, что фамилия Ханников не попала в число распространённых дворянских, но и не стала чисто крестьянской. По данным переписей XIX века, носители встречались среди мещан и однодворцев южных губерний (Тамбовской, Воронежской, Саратовской). Однодворцы — потомки служилых людей, охранявших южные рубежи, и среди них фамилии тюркского происхождения не редкость. Это косвенно подтверждает версию о «ханском человеке»: предки Ханниковых могли нести сторожевую службу на границе с Диким полем, и их прозвище напоминало о старых связях с Ордой.

В написании фамилии возможны варианты: Ханников и Хаников. Второй — от имени Ханя (уменьшительное от Иван в некоторых говорах) или от тюркского «хан» с другим суффиксом. Но двойное «н» в Ханникове указывает именно на суффикс -ник, а не на простое прибавление -ов к корню «хан». Так что перед нами не «сын хана», а «сын того, кто при хане». Разница тонкая, но для этимолога принципиальная.