Фамилия Хныков — это отчество, образованное от прозвища Хнык. В основе лежит глагол «хныкать» — плакать, ныть, жаловаться. В русских говорах слово «хнык» означало плаксу, капризного или постоянно недовольного человека. Фамилия, как и многие другие, закрепилась за потомками того, кого в деревне прозвали Хныком.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность, то есть «сын Хныка». Ударение в фамилии обычно падает на первый слог — Хны́ков, хотя в некоторых говорах возможно смещение на окончание.

По суффиксу можно предположить, что фамилия сложилась в среде великорусского крестьянства или посадских людей не позднее XVII–XVIII веков. Прозвища, связанные с поведением или характером, в то время давали не столько для обиды, сколько для точного узнавания человека в общине. «Хнык» мог быть не только плаксой, но и человеком, который постоянно выражал недовольство — в быту такое качество быстро становилось отличительным признаком.

Стоит отметить, что в некоторых диалектах «хныкать» имело иное значение — говорить в нос, гнусавить. В этом случае прозвище могло относиться к человеку с особенностью речи. Обе версии правдоподобны, но первая — поведенческая — встречается чаще и имеет больше параллелей в русских фамилиях (Плаксин, Ревякин, Нытиков).

Фамилия Хныков — редкая, не входит в число массовых русских фамилий. Встречается в основном в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает её диалектное происхождение. Однокоренные варианты — Хныкин, Хнычков — образованы от тех же основ, но с разными суффиксами.