Фамилия Хнытченко — яркий пример восточнославянской фамилии, образованной по украинской модели. Суффикс -енко, означающий «сын» или «потомок», указывает на то, что фамилия сложилась на территории современной Украины или в южнорусских землях, где это окончание было особенно распространено. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые часто закреплялись за крестьянами после отмены крепостного права, фамилии на -енко изначально были патронимическими и бытовали в среде казачества и мещанства.

Основа фамилии — «Хныт» — скорее всего, восходит к глаголу «хныкать», то есть плакать, ныть, жаловаться. В древнерусском языке слово «хныть» означало плаксу или капризного человека. Так могли прозвать ребенка, который часто плакал, или взрослого, склонного к унынию и жалобам. Прозвища по поведению и характеру — один из самых древних пластов русских и украинских фамилий, и Хнытченко здесь стоит в одном ряду с фамилиями Плаксин, Нытиков или Крикун.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «хныта» — так в некоторых говорах называли хилого, болезненного человека. Если принять эту версию, то прозвище указывало не на характер, а на физическую слабость. Обе версии сходятся в одном: исходное прозвище было дано не в похвалу, а по заметной черте, которая бросалась в глаза окружающим. В среде, где ценились выносливость и суровость, такое прозвище могло закрепиться за конкретным родом.

С точки зрения словообразования, фамилия прошла два этапа: сначала от прозвища Хныт образовалось отчество Хнытченко (буквально «Хнытов сын»), а затем оно закрепилось как наследственная фамилия. Ударение в современной фамилии чаще всего падает на второй слог — Хнытче́нко, хотя в некоторых говорах возможно ударение на первый. Интересно, что в украинских фамилиях суффикс -енко часто присоединялся к основам, оканчивающимся на согласный, без дополнительных наращений, что мы и видим в случае с корнем «Хныт».

В исторических документах фамилия встречается в основном в реестрах Запорожского войска и метрических книгах Полтавской и Черниговской губерний. Это говорит о том, что носители фамилии были в основном выходцами из левобережной Украины, где казачество составляло значительную часть населения. Сословно Хнытченко могли быть как казаками, так и крестьянами, но в любом случае фамилия не принадлежала к дворянским — её носители были простыми людьми, получившими прозвище по житейской, бытовой черте.