Фамилия Ходехин образована от прозвища или нецерковного имени Ходеха. В основе лежит глагол «ходить» — слово, которое в русских говорах имело множество значений, от «передвигаться» до «ухаживать» или «быть в ходу». Скорее всего, Ходехой называли человека, который много ходил: странника, пешего гонца, бродячего торговца или того, кто работал на ногах — например, ходока по делам общины. В некоторых диалектах «ходеха» могло означать и «проворный, расторопный человек» — тот, кто быстро и ловко делает дело.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Ходехин — буквально «сын Ходехи» или «из семьи Ходехи». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а, -я. Встречаются и однокоренные фамилии — Ходеев, Ходяков, Ходнев, но Ходехин стоит особняком из-за редкого суффикса -ех-, который придаёт основе уменьшительно-пренебрежительный оттенок, как в словах «малеха», «плохеха». Это намекает на то, что прозвище могли дать не просто так, а с лёгкой иронией — например, над неутомимым ходоком.

Географически фамилия нечастая. По данным переписей, Ходехины встречаются в Вологодской, Костромской и Кировской областях — в зоне бытования северорусских говоров. В этих краях ходоки и странники были привычной фигурой: лесные дороги, охота, бортничество требовали постоянного передвижения. Возможно, предок носителя фамилии был не просто ходоком, а выполнял роль посыльного или сборщика податей — такая работа в XVII–XVIII веках ценилась, но требовала выносливости.

Второй, менее вероятный вариант — связь с церковным именем Ходех (греч. Ходегетрия, «Путеводительница»), но это имя больше известно в женской форме и в фамилиях почти не закрепилось. Поэтому основная версия — прозвище из живого языка, а не из святцев.

Написание фамилии устойчиво: Ходехин, без вариантов через «а» или «е» в корне. Ударение, судя по аналогичным фамилиям (Ходеев, Ходяков), падает на второй слог — Ходéхин, хотя в некоторых говорах возможно смещение на первый. В дореволюционных метрических книгах встречается форма «Ходехинъ» — с твёрдым знаком на конце, что типично для старой орфографии.