Фамилия Ходыева — женская форма фамилии Ходыев, и её происхождение напрямую связано с мужским личным именем или прозвищем Ходый. В основе лежит тюркское слово «ходжа» (хозяин, господин, наставник), которое в русской среде адаптировали в форму Ходый. Такое имя могли дать человеку, занимавшемуся торговлей, бывшему уважаемым старейшиной или духовным лицом. Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на -й, -ь или мягкий согласный: Ходый → Ходыев → Ходыева.

В русском языке тюркское «ходжа» дало несколько фамильных вариантов, и Ходыев стоит в одном ряду с более распространёнными Ходжаевым, Ходжиевым и Ходяевым. Отличие Ходыева — в сужении гласного и твёрдом окончании основы, что типично для регионов, где татарское или башкирское влияние смешивалось с севернорусскими говорами. По этой причине фамилия чаще встречается в Поволжье и на Урале, хотя точную географию без специальных данных назвать сложно.

Если отбросить тюркскую версию, можно вспомнить древнерусское слово «ходырь» — так называли бродягу или скитальца. В этом случае прозвище Ходый закрепилось за человеком непоседливым, часто меняющим место жительства. Однако такая трактовка менее вероятна: фамилия с суффиксом -ев обычно указывает на отчество, а не на прямое прозвище, и тюркский корень объясняет её лучше.

В дореволюционных источниках фамилия Ходыев не фиксируется среди дворянских родов, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение. Носительницы фамилии Ходыева в основном потомки тех, кого в документах записывали как Ходый — по имени отца или деда, бывшего уважаемым человеком в своей общине.