Фамилия Худдыева — редкий случай, когда написание подсказывает географию вернее, чем корень. Двойная буква «д» и окончание «-ыева» сразу выдают регион происхождения: это почти наверняка туркменская или каракалпакская фамилия, русифицированная при паспортизации. В исконном виде она выглядит как Худдаева или Худаева, а двойное «дд» в русской записи — либо следствие тюркского произношения (удвоение для передачи долгого согласного), либо описка паспортиста, которая закрепилась.

Корень фамилии — арабское имя Худай (Худа) или Худдай, означающее «Бог», «Господь» (от арабского «Худа» — верный путь, истина, но в тюркской среде чаще воспринималось как «Всевышний»). В Туркмении и Узбекистане распространены имена Худайберды, Худайкул, Худайназар, где «Худай» — первая часть сложного имени. Фамилия Худдыева, скорее всего, образована от имени Худдай (или Худай) через патронимический суффикс «-ев(а)», который в тюркских фамилиях заменяет русский суффикс принадлежности.

Женская форма на «-а» (Худдыева) — стандартная русификация: мужчина будет Худдыев, женщина — Худдыева. По той же модели образованы фамилии Худаев, Худайбердыев, Худайкулов.

Если искать параллели в русском контексте, то случайное совпадение с корнем «худой» (тощий, плохой) маловероятно: для русской фамилии было бы характерно окончание «-ов» (Худой → Худов) или «-ин» (Худой → Худин). Двойная «д» и «-ыев» — тюркский след.

Таким образом, носительница фамилии Худдыева почти наверняка имеет туркменские, каракалпакские или узбекские корни, а её предки носили имя, связанное с почитанием Бога или божественного пути. Фамилия не древняя (возникла в XX веке при советской паспортизации), но зато точно привязана к Средней Азии.