Фамилия Ходюня — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а глагол движения. Разберём её по косточкам.

Корень здесь — «ход-», тот же, что в словах «ходить», «походка». А вот суффикс «-юн-» встречается в русских фамилиях нечасто. Обычно он образует прозвища по характерному действию: «балуюн» (шалун), «воркун» (ворчун). Соответственно, Ходюня — это человек, которого прозвали за манеру ходить: возможно, очень быстро, размашисто, или, наоборот, медленно и тяжело. В украинском языке, где тоже встречается такой суффикс, прозвище могло означать «ходок», «пешеход» — того, кто много и охотно ходит пешком.

Фамилия явно восточнославянская, но географически привязана скорее к западнорусским или украинско-белорусским землям. Суффикс «-юн(я)» там был более живуч, чем в северных говорах, где предпочитали «-ун» (Ходун). В документах фамилия встречается эпизодически, в основном на территории современной Украины и в южных областях России — в Воронежской, Ростовской, Краснодарском крае.

Сословная принадлежность угадывается по типу: такие прозвищные фамилии без книжного суффикса «-ский» или дворянского «-ов» чаще всего носили крестьяне и казаки. В реестрах запорожского казачества попадаются похожие прозвища — Ходь, Ходун, что косвенно подтверждает эту версию. Значит, предок носителя фамилии был либо энергичным пешеходом, либо человеком с характерной походкой — и это единственное, что мы можем о нём узнать через семь поколений.