Фамилия Ходюнова — женская форма от Ходюнов, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. В русских фамилиях на -ов/-ев и -ин большинство, а здесь мы видим редкий суффикс -юн-. Он характерен для прозвищ и личных имён, образованных от глаголов: ходюн — тот, кто ходит, но не просто «пешеход», а скорее непоседа, человек, который постоянно в движении, или, возможно, работник на ходулях (такое прозвище давали бродячим артистам). В говорах слово «ходюн» могло означать и «ходок» — человека, который много ходит по делам, например, по судам или за товаром.

Основа фамилии — глагол «ходить» в его древней, более полной форме. В русских диалектах и в украинском языке форма «ходю» (я хожу) дала множество прозвищ: Ходюк, Ходя, Ходюн. Фамилия Ходюнов — патронимическая, то есть образована от прозвища отца: «чей сын?» — Ходюнов, то есть сын Ходюна. Судя по географическому распространению, фамилия встречается чаще в южнорусских и украинских регионах, где суффикс -юн- был продуктивен (сравните: веселун, говорун, ходюн).

Есть и вторая, менее вероятная версия: от имени Ходюня — уменьшительной формы православного имени Феодор (в народе — Ходор). Но тогда фамилия писалась бы как Ходюнин (с суффиксом -ин), а не Ходюнов. Поэтому прозвищное происхождение от глагола «ходить» надёжнее.

В сословном отношении предки Ходюновых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — фамилия не дворянская и не духовная. В документах XVIII–XIX веков такая фамилия фиксируется в Курской, Воронежской и Харьковской губерниях, что подтверждает её южнорусский корень. Носители фамилии могли быть ходоками — людьми, которые ходили по деревням с товаром или выполняли поручения общины, или же просто непоседливыми, подвижными людьми, получившими прозвище за манеру поведения.