Фамилия Ходонова — женская форма фамилии Ходонов, и её разумнее всего разбирать через мужской вариант. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Ходон. Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Ходона), что типично для русских фамилий, сформировавшихся в среде крестьян и служилых людей в XV–XVII веках.

Корень ход- отсылает к глаголу «ходить». Прозвище Ходон могли дать человеку, который много ходил: страннику, пешему торговцу, гонцу, бродячему ремесленнику или просто непоседливому, подвижному человеку. В русских говорах слово «ходон» также имело значение «ходок, скороход» — того, кто быстро и много передвигается. В ономастике это устойчивая модель: достаточно вспомнить фамилии Ходоков, Ходаков, Ходунков, построенные по тому же принципу.

Менее вероятна, но возможна версия происхождения от имени Ходон как сокращённой формы от крестильного имени Феодор (в народе Ходор) или от имени Хотен (древнерусское Хотенъ, от «хотеть»). Однако фонетический переход «т» в «д» в данном случае нехарактерен для северных и центральных говоров, где фамилия встречается чаще, поэтому связь с прозвищем по действию выглядит убедительнее.

География фамилии Ходоновых неширокая, но устойчивая: следы ведут в основном в центральные и северные области России — Вологодскую, Костромскую, Архангельскую губернии. Там слово «ходон» в местных говорах действительно бытовало. Носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьян или посадских людей, чьи предки получили прозвище за образ жизни или род занятий, связанный с постоянным передвижением.

В написании фамилии нет спорных моментов: ударение в большинстве случаев падает на второй слог — Ходо́нова, что подтверждает происхождение от имени-прозвища с ударным суффиксом.