Фамилия Ходоновский — классический пример фамилии на -ский, образованной от географического названия. Такие фамилии в основном принадлежали польской, украинской или белорусской шляхте, а также духовенству, которое часто брало фамилии по названию прихода или имения. В основе Ходоновского почти наверняка лежит топоним: село или местечко с названием Ходоново, Ходонов, Ходоновка или Ходоновичи. Такие названия встречаются на территории современной Беларуси, западной России и Украины, что подтверждает западнорусское или польское происхождение фамилии.

Корень фамилии — Ходон-. Это может быть производное от личного имени Ходон (уменьшительная форма от Феодор или Иоанн в народном произношении), либо от прозвища Ходон, которое давали человеку с характерной походкой или тому, кто много ходил, странствовал. В древнерусских говорах «ходон» могло означать «ходок», «пешеход» или даже «бродяга». Вторая версия менее вероятна, но не исключена: в польском языке есть слово chodony (ходули), что могло стать прозвищем высокого человека.

Суффикс -ов- в основе указывает на принадлежность: Ходонов — сын Ходона. А окончание -ский превращает отчество в фамилию по владельческому принципу: «из Ходонова» или «Ходоновский пан». Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был либо помещиком, владевшим деревней Ходоново, либо выходцем из этого села, получившим фамилию при переезде в город или при поступлении в духовное училище.

Фамилия редкая. В дореволюционных справочниках встречается в Волынской и Минской губерниях, что подтверждает её западнорусскую привязку. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, Ходоновский сохраняет след дворянского или священнического происхождения, хотя к XIX веку могла стать и крестьянской — после отмены крепостного права бывшие крепостные нередко брали фамилию по названию покинутого имения.