Фамилия Ходжабаева — женская форма фамилии Ходжабаев, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. В основе лежит имя или титул «Ходжа» (от персидского خواجه — «господин», «хозяин», «наставник»), широко распространённый у народов, исповедующих ислам, особенно в Средней Азии. Второй компонент «бай» (тюркское «богатый», «господин», «уважаемый человек») усиливает значение: буквально Ходжабаев — «сын уважаемого ходжи и бая». Это составная антропонимическая модель, типичная для узбекской, таджикской и каракалпакской традиций, где два социально значимых слова сливаются в одну фамилию.

Суффикс -ев указывает на русскую адаптацию фамилии, которая произошла в период вхождения Средней Азии в состав Российской империи и позже — в советское время. Местные патронимы (образования от имени отца) переоформлялись по русскому образцу: к основе добавляли -ов или -ев. Таким образом, Ходжабаева — это не исконно русская фамилия, а результат межкультурного контакта, когда тюрко-персидское имя получило славянское окончание.

Географически фамилия чаще всего встречается в Узбекистане, Таджикистане, а также среди выходцев из этих регионов в России. В дореволюционный период носители такой фамилии, скорее всего, принадлежали к духовенству или зажиточным слоям — слово «ходжа» нередко обозначало потомков пророка Мухаммеда или уважаемых учителей, а «бай» указывало на состоятельность. Однако не стоит приписывать всем Ходжабаевым аристократическое происхождение: в XX веке фамилия могла закрепиться за людьми, чьи предки просто носили имя Ходжабай, без прямого отношения к титулам.

Редкость фамилии в русскоязычном пространстве объясняется её узкой региональной привязкой. В отличие от массовых русских фамилий на -ов, Ходжабаева сохраняет прозрачную внутреннюю форму, понятную носителям тюркских и персидских языков. Для русского уха она звучит экзотично, но её структура проста: корень Ходжабай- плюс типовой суффикс -ев.