Фамилия Ходжабергенов — одна из тех, что безошибочно указывает на среднеазиатские корни, а точнее — на тюрко-персидское культурное наследие. Она образована от арабского титула «ходжа» (господин, хозяин, а также почётное звание купца или учителя) и тюркского глагола «бер» (давать) с причастием прошедшего времени «ген». В буквальном смысле Ходжаберген — это «данный ходжой» или «подарок господина». Такая модель имянаречения (с частицей «берген») встречается у казахов, каракалпаков, узбеков и туркмен: она означала, что ребёнок был вымоленным, долгожданным или посвящённым божеству, святому человеку.

Морфологически фамилия стоит в ряду патронимических образований на -ов, характерных для русской документальной традиции XIX–XX веков. Когда народы Средней Азии вошли в состав Российской империи, их личные имена и отчества стали записывать по русскому образцу: к имени отца (Ходжаберген) добавляли суффикс -ов, и получалась фамилия, передаваемая по мужской линии. То есть предок носителя фамилии — мужчина по имени Ходжаберген, и его дети стали Ходжабергеновыми.

Интересно, что имя Ходжаберген нередко давали в среде духовных авторитетов или зажиточных торговцев — «ходжа» подразумевало уважение, а не просто бытовое прозвище. В отличие от фамилий, образованных от ремёсел или внешних черт, эта несёт отпечаток социального статуса: предки могли быть потомками суфийских шейхов или влиятельных купцов на Шёлковом пути. Встречается фамилия преимущественно среди каракалпаков и казахов, реже — у узбеков, что подтверждается данными переписей и современной географией носителей.

В написании фамилии возможны варианты: Ходжабергенов — самый частый в русскоязычных документах, но в оригинале (на каракалпакском или казахском) она может выглядеть как Қожабергенов или Хожабергенов. Смена «Х» на «Қ» — следствие адаптации арабского «ходжа» к тюркской фонетике, где твёрдый звук «к» ближе к исходному произношению. Для этимолога это ценный маркер: он подсказывает, что фамилия скорее каракалпакская или казахская, чем узбекская, где чаще сохраняют «х» в мягком варианте.