Фамилия Хоинский сразу обращает на себя внимание польским суффиксом -ский. Такая модель указывает на дворянское или шляхетское происхождение, но не обязательно на высокий титул: в Речи Посполитой так называли владельцев усадьбы или просто землевладельцев, чья фамилия была привязана к названию родового имения. Хоинский — типичный представитель этой группы, образованный от топонима с корнем Хоин-.

Скорее всего, основа восходит к польскому слову choina — «хвоя», «сосна» или «ель». В польской ономастике немало фамилий от деревьев: Сосновский, Ельский, Хоинский. Если предки жили в местности, где преобладали хвойные леса, их поместье или деревня могли называться Хойны, Хойне, Хойно — отсюда и фамилия. Встречается и вариант написания Chojnowski, но в русской передаче через «Х» и без «й» закрепилась форма Хоинский.

Носители фамилии исторически связаны с восточными землями бывшей Речи Посполитой — современными Беларусью, Украиной, Литвой. После разделов Польши и вхождения этих территорий в состав Российской империи фамилия попала в списки дворянских родов, например, в родословные книги Виленской, Минской или Волынской губерний. Однако не все Хоинские были шляхтичами: встречались и крестьяне, и однодворцы, чья фамилия тоже могла быть заимствована от названия деревни, где они жили.

Стоит отдельно заметить, что фамилия не имеет отношения к украинскому или русскому слову «хой» (сленговое «кайф»), это случайное совпадение. В польском контексте «хвоя» — единственная убедительная версия, подкреплённая географией и типичной словообразовательной моделью.