Фамилия Хохлунова — женская форма, а мужская, Хохлунов, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов. Это указывает на принадлежность: «чей?» — Хохлунов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Хохлун. Основа здесь — слово «хохол», которое в русских говорах имело не одно значение.

Самое распространенное объяснение: прозвище Хохлун давали выходцу с Украины. В центральных и северных губерниях России «хохлами» называли переселенцев с юга, и такое прозвище могло закрепиться за человеком, который пришел из малороссийских земель или говорил с характерным «хохлацким» говором. Но есть и другая версия, менее известная, но не менее реальная: в некоторых диалектах «хохлуном» называли человека с взлохмаченными, торчащими волосами, непослушным хохолком на голове. Такое прозвище давали за прическу или небрежный вид.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ун в прозвище Хохлун указывает на деятеля или носителя признака (как говорун, бегун, хвастун). Затем к этой основе добавили типичный русский суффикс -ов, превратив прозвище в фамилию. В документах фамилия фиксируется с XVIII–XIX века, преимущественно в центральных и поволжских регионах — там, где оседали переселенцы или где диалектное слово «хохлун» было в ходу. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, фамилия возникла в одном-двух селах и оттуда распространилась.

Интересная деталь: в отличие от фамилий Хохлов или Хохленков, которые тоже образованы от «хохла», форма Хохлунов встречается реже и звучит архаичнее. Она могла закрепиться за конкретным родом, где прозвище передалось по наследству именно в такой уменьшительно-пренебрежительной форме. Спорить о том, какая из версий вернее, сложно: обе правдоподобны, и без генеалогического исследования конкретной семьи сказать точнее нельзя. Если предки были из южных губерний — скорее всего, прозвище указывало на украинские корни. Если из северных — на внешность.