Фамилия Хохлун — яркий пример того, как прозвище, данное по внешнему признаку или этнической принадлежности, закрепилось в качестве родового имени. В её основе лежит слово «хохол» — в старину так называли чуб, вихор или прядь волос, торчащую вверх или в сторону. Человек с таким заметным чубом, скорее всего, и получил прозвище Хохлун. Суффикс -ун в русских фамилиях (как в Говорун, Молчун, Крикун) указывает на носителя характерного признака или действия: хохлун — тот, кто носит хохол.

Вторая, не менее распространённая версия, связывает фамилию с этнонимом. В просторечии украинцев нередко называли «хохлами» — по традиционной причёске запорожских казаков с длинным чубом-оселедцем. Хохлуном могли прозвать выходца с Украины, переселившегося в великорусские земли. Эта версия выглядит правдоподобной, особенно если учесть, что фамилия бытует в южных и центральных областях России, где контакты с украинским населением были исторически плотными.

Модель образования фамилии — бессуффиксная, от прозвища на -ун, что встречается реже, чем патронимы на -ов/-ев. Фамилия Хохлун застыла в форме мужского рода именительного падежа, не получив дополнительного суффикса принадлежности. Это говорит о том, что прозвище было настолько устойчивым, что перешло в фамилию без изменений, по типу «Иван Хохлун» — «сын Хохлуна».

С точки зрения социальной истории, носители фамилии Хохлун в большинстве своём относились к крестьянскому или мещанскому сословию. В дворянских родословных книгах эта фамилия не встречается. Встречаются её варианты — Хохлов, Хохленков, Хохлушкин, но Хохлун стоит особняком из-за редкого суффикса, что делает её одной из самых «говорящих» в этом гнезде.