Фамилия Хольченко образована по типичной для украинского и южнорусского регионов модели с суффиксом -енко, который первоначально означал «маленький» или «сын такого-то». Основа фамилии — «Холько», и здесь мы сталкиваемся с неочевидным, но интересным моментом. В украинском языке «холява» или «холька» — это голенище сапога, а в переносном смысле «холька» могла означать человека с длинными ногами или того, кто носит высокую обувь. Однако более вероятно, что в основе лежит не предмет одежды, а антропоним.

Корень «Хольк-» восходит к уменьшительной форме от имени Холь (или Голь), которое, в свою очередь, является вариантом крестильного имени Феофил (от греческого «theos» — бог и «philos» — друг) или же могло быть народной формой имени Холод. В говорах южной Руси «холь» также могло означать «холод», «стужа» — прозвище для человека с холодным характером или родившегося в мороз.

Суффикс -енко указывает на патронимическое происхождение: Хольченко — это «сын Холька». Такая модель была особенно распространена в казацкой среде Запорожья, Гетманщины и Слобожанщины в XVI–XVII веках. Фамилия фиксируется в основном на территории современной Украины и прилегающих областей России (Белгородская, Воронежская, Курская области), что совпадает с ареалом расселения украинского населения в XVII–XVIII веках.

Любопытная деталь: написание через «Х» вместо «Г» (Гольченко) может указывать на фонетическую особенность — в некоторых южнорусских говорах «г» произносится как фрикативный звук, близкий к «х», что отразилось и в письменной фиксации фамилии. Таким образом, Хольченко — это фамилия, рассказывающая о своём носителе как о потомке человека по прозвищу Холько, будь то «холодный» по характеру или просто обладатель длинных ног.