Фамилия Хольченкова — женская форма фамилии Хольченков. Её основа — прозвище или нецерковное имя Холька, которое, в свою очередь, образовано от слова «холь» или «холя». В русских говорах «холь» означала заботу, уход, негу, а «холя» — изнеженного, избалованного человека. Таким образом, Холькой могли называть либо того, кто жил в довольстве и холе, либо, напротив, дать прозвище с иронией — ленивцу, который слишком много о себе заботится.

Суффикс -енк- в фамилии Хольченков указывает на восточноукраинское или южнорусское происхождение. В отличие от стандартного русского -ов/-ев, суффикс -енко в XVII–XVIII веках активно использовался на Слобожанщине, в Черниговской и Полтавской губерниях для образования фамилий от личных прозвищ. Позже, при адаптации в великорусской среде, к основе прибавился типичный русский суффикс -ов, давший форму Хольченков. Встречаются также варианты Хольченко и Хольченко́в, но написание через «о» во втором слоге (Хольченков) — самый частый.

Спорных версий для этой фамилии немного. Иногда её пытаются связать с немецким или еврейским корнем (ср. фамилию Хольц), но это маловероятно: звучание и словообразовательная модель — чисто славянские. Более правдоподобно, что в основе лежит не прозвище, а топоним — название населённого пункта вроде Хольки или Хольково. Такие деревни встречаются в Брянской и Смоленской областях, что подтверждает географическую привязку фамилии к юго-западным русским землям и приграничью с Украиной.

Носители фамилии Хольченкова, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды. В дореволюционных метриках и ревизских сказках эта фамилия встречается редко, что говорит о её локальном бытовании — в пределах нескольких уездов. Сегодня она остаётся малораспространённой, но не исчезла: её можно встретить в Курской, Белгородской областях и на востоке Украины.