Фамилия Холуенкова — женская форма фамилии Холуенков, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Холуй. В древнерусском языке слово «холуй» имело два основных значения: слуга, лакей, а также береговой отмель, песчаная коса (в северных говорах). Второе значение — географический термин, который мог стать основой прозвища для человека, жившего у такой отмели или на низком берегу. Первое значение — социальное, указывающее на зависимое положение предка.

Модель образования фамилии стандартна для восточнославянской ономастики: к основе Холуй добавился суффикс -енк-, характерный для украинской и южнорусской традиции. Суффикс -енко (в русифицированной форме -енк-) означал «маленький», «сын» или «потомок». Таким образом, Холуенко — «сын Холуя» или «потомок человека по прозвищу Холуй». Финальное -ов в фамилии Холуенков — уже русское окончание, которое часто добавляли к украинским фамилиям при адаптации в великорусской среде, превращая Холуенко в Холуенков.

Версия о происхождении от названия города Холуй (Ивановская область) маловероятна: топонимические фамилии на -ский/-ской, а не на -енко. Однако гипотеза о том, что прозвище было дано по месту жительства на речном холуе (отмели), вполне состоятельна. Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) подтверждают, что фамилии на -енко в основе часто имеют не только личные имена, но и прозвища по роду занятий, внешности или месту.

Социально фамилия не указывает на дворянское происхождение: «холуй» в значении «слуга» — это просторечное, часто уничижительное обозначение зависимого человека. Фамилия могла закрепиться за крестьянами или посадскими людьми, причём не обязательно в унизительном смысле: в допетровской Руси прозвища нередко давались «от противного» или по реальному положению дел. Географически фамилия Холуенковы встречается в основном в южных и центральных регионах России, а также на Украине, что совпадает с ареалом распространения суффикса -енко.

Таким образом, Холуенкова — это фамилия, образованная от прозвища Холуй, которое могло относиться либо к слуге, либо к жителю у речной отмели. Суффикс -енко указывает на украинские или южнорусские корни рода, а добавление -ов — на позднейшую русификацию.