Фамилия Холченков — одна из тех, где на первый взгляд всё ясно, но при ближайшем рассмотрении открывается несколько равноправных путей. Корень «холч-» легко спутать с «холщ-» (холст), но это разные вещи. Основная версия отсылает к прозвищу Холч или Холча. В южнорусских и украинских говорах «холча» — это нечто вроде «холуй», «слуга», «прислужник», причём слово имело скорее бытовой, чем оскорбительный оттенок: так могли назвать работника, батрака. Суффикс -енков — типичный для фамилий центральной России и Черноземья, особенно распространённый в Курской, Орловской, Воронежской губерниях. Он означает «сын» или «потомок»: Холченков — буквально «сын Холчка», то есть сын человека по прозвищу Холчок (уменьшительное от Холч).

Вторая, менее очевидная, но вполне реальная версия — связь с диалектным глаголом «холчить» (или «холкать»), который в ряде областей означал «кашлять», «хрипеть», «издавать гортанные звуки». Прозвище Холченок мог получить человек с хриплым голосом или тот, кто постоянно покашливал. Такие прозвища по физиологическим особенностям давали часто, и они легко закреплялись в фамилиях.

Третья версия, самая редкая, но тоже возможная — от личного имени Холч, которое могло быть краткой формой от крестильного имени Харлампий (в народном произношении — Харлам, Харлач, отсюда и Холч). В этом случае фамилия оказывается в одном ряду с Харламовыми и Харлачёвыми, но с сильно изменённой основой.

Встречаемость фамилии Холченков невысока, она не входит в сотни самых частых русских фамилий. Географически её ядро — Курская и Белгородская области, реже — юг Рязанщины и Тамбовщины. Это полностью совпадает с ареалом суффикса -енков, что подтверждает: перед нами фамилия потомственного крестьянина или однодворца, а не дворянина или священника. Родовая память могла хранить прозвище предка — батрака, хрипуна или просто человека с необычным именем.