Фамилия Холченкова — женская форма фамилии Холченков, и её происхождение стоит искать через мужской вариант. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Холченок, которое, скорее всего, образовано от слова «холка». В русских говорах «холка» — это не только загривок животного, но и, в переносном смысле, затылок, шея человека. Прозвище Холченок могли дать человеку с заметной, крупной или горделиво поднятой головой — отсюда и характерная «холка». Уменьшительный суффикс -енок (в исходной форме Холченок) в древнерусских именованиях часто указывал на молодость или небольшой рост: Холченок — буквально «маленький Холка» или «сын Холки».

Словообразовательная модель проста: к основе Холчен- (от Холченок) добавили типичный русский суффикс -ов, а затем окончание -а для женского рода. Такая модель — одна из самых распространённых в русском ономастиконе: фамилии на -ов/-ев первоначально означали принадлежность («чей?»), то есть Холченкова — «дочь или жена Холченкова».

Интересно, что в некоторых областях России, особенно в южнорусских говорах, слово «холка» имело дополнительное значение — «сутулость» или «горб». Если принять эту версию, прозвище могло относиться к человеку с сутулой спиной. Однако более вероятно, что фамилия связана именно с внешним признаком, а не с ремеслом или занятием — прямых профессиональных значений у слова «холка» не зафиксировано.

Фамилия Холченков (и её женская форма) встречается в основном в центральных и восточных регионах России, но не относится к числу массовых. В письменных источниках XVII–XVIII веков такие прозвища нередки в крестьянской среде, где внешние черты служили удобным способом идентификации человека в общине. Таким образом, предки Холченковых — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по прозвищу, которое подмечало характерную деталь внешности.