Фамилия Холденков образована от прозвища Холда, которое, скорее всего, восходит к глаголу «халдить». Даля он трактуется как «кричать». Вполне вероятно, что основатель рода Холденковых был обладателем звонкого голоса. Согласно другой гипотезе, прозвище Холда этимологически связано с польским глаголом holdowac, которое в старину употреблялось в значении «подчинять». В таком случае прозвище могло отражать особенности характера и поведения предка: возможно, родоначальник фамилии Холденков был сильным и властным человеком. Со временем, вероятно, род Холденко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. Так и прозвище Холда закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Холденков. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Холда, со временем получил фамилию Холденков.