Фамилия Холдеев образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Именование Холдей представляет собой «окающий» вариант прозвища Халдей. Так в некоторых русских диалектах называют грубого, нахального, бранчливого, крикливого человека или же того, кто не работал, вёл праздную жизнь. Очевидно, прозвище Холдей относится к ироничным именованиям и подчёркивало те стороны поведения предка, которые осуждались окружающими. Так, из письменных источников известен вотчинник Федор Халдеев (конец XV века, Можайск), а также крестьянин Треня Холдеев (1586 год, Арзамас). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Холдей, со временем получил фамилию Холдеев. О точном месте и времени возникновения фамилии Холдеев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Холдеев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.